Els contenidors especials inclouen, entre d'altres, els següents tipus:
Contenidor refrigerat: Dissenyat per al transport de mercaderies congelades o a baixa temperatura que requereixen una temperatura determinada, apte per carregar carn, fruita i altres mercaderies. Els contenidors frigorífics tenen parets, portes, fons i tapes aïllants, que poden evitar l'intercanvi de calor entre l'interior i l'exterior. Es divideixen en contenidors refrigerats mecànics interns i contenidors refrigerats mecànics externs.
Contenidor penjador de vestits: s'utilitza especialment per al transport de roba, amb barres transversals i penjadors a l'interior per facilitar el transport penjat de roba confeccionada.
Contenidor de tapa oberta: No té tapa rígida, lona, làmines de plàstic, etc. com la marquesina, apta per carregar mercaderies l'alçada de les quals superi el límit d'alçada màxima del contenidor.
Contenidor de bastidor pla: un contenidor sense parets superiors i laterals, o fins i tot una paret final, però només una placa inferior i quatre columnes cantoneres, apte per transportar mercaderies molt altes i ultraamples, bestiar i mercaderies nues exemptes de embalatge extern.
Contenidor cisterna: s'utilitza especialment per al transport de mercaderies líquides o gasoses, com alcohol, gasolina, productes químics, etc., format per un dipòsit i un bastidor.
Cub alt: més alt que els contenidors estàndard, normalment s'utilitzen per a mercaderies amb un gran volum però no massa pesats, com ara mercaderies lleugeres.
Bastidor pla: sense parets i tapes fixes, adequat per a mercaderies de gran mida o massa alts, com ara maquinària i equips grans, materials de construcció, etc.
Lateral obert: amb portes laterals addicionals, és convenient carregar i descarregar mercaderies des del costat, normalment s'utilitza per a mercaderies llargues o que requereixen accés lateral.
Contenidor de mercaderies perilloses: contenidor especialment utilitzat per al transport de mercaderies perilloses, d'acord amb la normativa internacional de transport de mercaderies perilloses.
Roll-on/Roll-off: S'utilitza per transportar vehicles, amb una cua oberta o totalment oberta per facilitar l'entrada i sortida del vehicle.
